Ճեմարանի կազմակերպական կառուցվածքը կրում է գծային-մատրիցային բնույթ, այսինքն կառավարման երկու տեսակների՝ գծային և մատրիցային, համադրումն է, ինչը համակարգը դարձնում է ավելի ճկուն, իսկ գործընթացների կառավարումը՝ ավելի համակողմանի և թափանցիկ: Ճեմարանի գործունեության գործընթացների ղեկավարումը իրականացնում են կրթահամալիրի փոխտնօրենները (ուղղահայաց կառավարում), իսկ գործընթացների լոկալ կառավարումը դպրոցներում իրականացվում է դպրոցների տնօրենների կողմից (հորիզոնական կառավարում): Կրթահամալիրի դպրոցների (կրտսեր, միջին, ավագ) տնօրենների ու կրթահամալիրի փոխտնօրենների և/կամ ծառայությունների ղեկավարների նույն գործընթացի կառավարումը գործառույթային է և ամրագրված է պաշտոնեկան հրահանգներում: Ավագ դպրոցում տնօրենի գործառույթն իրականացնում են դպրոցի երկու ծրագրերի՝ ազգային և դիպլոմային, համակարգողները: Դպրոցների տնօրեններն ունեն նաև կրթահամալիրի փոխտնօրենի կարգավիճակ: Կրթահամալիրն ընդհանուր առմամբ ունի 9 փոխտնօրեն:

Ճեմարանի կազմակերպական սխեմայի ստեղծման հիմքում դրված է ծառի գաղափարը, ինչն այն դարձնում է տաբերվող այն առումով, որ գծային սլաքներն ունեն ոչ թե դեպի ներքև, ինչպես ընդունված է, այլ դեպի վերև գնացող ուղղություն: Այսպիսով ընդգծելով այն գաղափարը, որ ծառի արմատները, բունը և ճյուղերը սնում են պտուղները, իսկ ծառը ճանաչելի և գնահատելի է իր պտուղներով՝ սովորողներով և շրջանավարտներով: